Desde un primer momento se le asignó una cronología cercana a la mitad del siglo XVI, pero después de un análisis estilístico y documental, y comparándolo con Nuestro Padre Jesús Atado a la Columna, se llegó a la conclusión de que esta era la tercera imagen que faltaba por encontrar, de las tres que realizó el jesuita Domingo Beltrán de Otazu (Vitoria, 1535-1590) para la Iglesia de Santiago el Real. Por lo tanto podemos afirmar que la realizó entre 1563 y 1565 (Siglo XVI).

Desde el punto de vista iconográfico, lo más destacable es que se representa el momento inmediatamente anterior a la muerte. Frente al modelo de un cristo muerto, habitual en la escultura castellana, desprendiendo más sufrimiento al permanecer la cabeza erguida con la boca abierta para coger el último aliento. El momento está perfectamente logrado, gracias al tratamiento de la anatomía; el arco torácico se eleva al llenarse los pulmones y en la parte inferior, las piernas permanecen en tensión por el sufrimiento. Se puede afirmar que la inspiración de esta obra es el renacimiento italiano, ya que Domingo Beltrán era un reconocido seguidor del arte italiano de esa época, donde con frecuencia se utilizaba la imagen del Crucificado vivo.

Para justificar la atribución es preciso entrar con detalle en la comparación con la imagen de Jesús Atado a la Columna. Las cabezas ofrecen el mismo movimiento levantadas y ladeadas hacia la derecha. El pelo se forma con gruesos y compactos mechones, que montan sobre la oreja izquierda sin ocultarla. Las bocas se abren de idéntico modo y la forma de la barba a base de pequeños bucles que se alargan y abren al llegar al mentón, es casi idéntica.

Fue encontrado junto a una de las paredes de la torre del campanario de la Iglesia Parroquial, no se conoce la fecha con exactitud pero existen referencias sobre él en el primer Reglamento de la Cofradía de 1943. Debido a su pésimo estado de conservación y pese a los escasos medios económicos de los que disponía la cofradía, se decidió en noviembre de 1951 su restauración, y en 1953 tras la aprobación del Arzobispado, fue trasladado al taller del escultor Francisco González Macías, en Madrid, donde se procedió a su reparación y policromía, realización de la cruz y tallado del paño de pureza, ya que no disponía del mismo.

Cuando en 1954 la imagen volvió restaurada a Medina, los obreros de la empresa medinense Ferroaleaciones Españolas S.A. se ofrecieron a escoltarla, acompañados por el Círculo Católico Social de obreros, añadiendo un nuevo hábito procesional (hoy inexistente), surgiendo así la Cofradía del Santísimo Cristo de la Agonía, dependiente de la de N.P. Jesús Atado a la Columna. En 1967, se decidió en Cabildo la fusión de las dos cofradías, prevaleciendo la advocación y el reglamento de la de mayor antigüedad, la de N.P. Jesús Atado a la Columna. Desde 1984 a 1986, los Scouts escoltaron y acompañaron la talla del crucificado.

Este cristo agonizante, es restaurado nuevamente en el año 2007. Esta vez en la Iglesia Parroquial de Santiago el Real, gracias al convenio firmado por la Junta Local de Semana Santa y la Junta de Castilla y León. El encargado de llevarlo a cabo fue Carlos Ávila de la Torre, restaurador de la localidad de Tordesillas (Valladolid), el cual realizó una limpieza superficial de la policromía.

Por consejo del restaurador, el Cristo fue quitado de la carroza, debido a que permanecía de continuo en ella desde hacía varios años y fue colgado en la pared de la primera capilla del lado del Evangelio; haciendo de esta, una capilla de oración para el Santísimo Cristo de la Agonía, el cual tiene multitud de fieles devotos.

Desde 1954 desfila en la procesión general de la Semana Santa Medinense y debido a que el Crucificado durante algunos años no salió el Viernes Santo por falta de cofrades, se decidió en cabildo que sustituyese a Nuestro Padre Jesús Atado a la Columna en la procesión de Caridad. De este modo no se quedaba sin procesionar ninguna de las dos tallas, una el Jueves y la otra el Viernes.

Actualmente la procesión de Caridad se celebra en la noche del Jueves Santo y a ella se reincorporó la talla del titular de la Cofradía en la Semana Santa de 2013, completando de esta forma, una de las procesiones más emotivas de Medina.

Con motivo del Año de la Fe, la Junta Local de Semana Santa, organizó a primeros de marzo del 2013, un Vía Crucis Extraordinario, cuyo final del recorrido fue la explanada del Castillo de la Mota. El Santísimo Cristo de la Agonía fue portado a hombros por nuestros cofrades recorriendo el centro de la Villa hasta llegar al Castillo, donde se celebró el Vía Crucis.

En la Semana Santa de 2008, el Cristo desfiló sobre una nueva carroza, ya que era este paso, el único que quedaba por reformar. Fue realizada por varios hermanos cofrades expertos en esta materia, y se presentó y bendijo en la Iglesia Parroquial de Santiago el Real, en marzo de 2008. Se hizo en pino macizo alistonado, con un barniz especial para su mejor conservación. Se restauraron los antiguos faroles y se adaptó la iluminación del conjunto.